生物菌剂广泛分布于土壤和水中，或与其他生物共存。人体也携带相当多的细菌。据估计，人体内和表皮的细菌细胞总数约为人体细胞的十倍。此外，有些物种分布在极端环境中，如温泉，甚至放射性废物。它们被归类为极地生物，其中最著名的物种之一是Thermotoga maritima，科学家在意大利的一座海底火山中发现了它。然而，细菌种类繁多，只有一小部分被科学家研究命名。在细菌领域的所有门中，只有大约一半包含可以在实验室培养的物种。

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